Am Zentralinstitut arbeiteten rund 650 Personen, davon etwa 350 Wissenschaftler. Merkel arbeitete im Bereich Theoretische Chemie. Am 8. Januar 1986 reichte sie ihre Dissertation ein, deren Titel lautete Untersuchung des Mechanismus von Zerfallsreaktionen mit einfachem Bindungsbruch und Berechnung ihrer Geschwindigkeitskonstanten auf der Grundlage quantenchemischer und statistischer Methoden. Nach der damaligen Promotionsordnung musste dem Antrag auf Promotion der Nachweis beigefügt werden, dass die während des Studiums erworbenen Kenntnisse des Marxismus-Leninismus („ML“) wesentlich vertieft und erweitert worden waren. Meist geschah dies in Form einer schriftlichen Arbeit.[4] Merkels Arbeit gilt als verschollen. Das deutsche Wochenmagazin Der Spiegel erstritt sich gerichtlich Auskunft aus der Promotionsakte Merkels und berichtete Anfang 2010, sie habe 1983 nach dreijähriger „marxistisch-leninistischer Weiterbildung“ nur ein genügend (rite) und 1986 auf Grund ihrer Abschlussarbeit in Marxismus-Leninismus in diesem Fach ebenfalls nur genügend erhalten. Für ihre physikalischen Forschungen dagegen habe sie die Note sehr gut bekommen.[5] Doktorvater war der Leiter der Theoretischen Chemie am ZIPC Lutz Zülicke. Nach der Promotion zum Dr. rer. nat. wechselte Merkel innerhalb des Instituts in den Bereich Analytische Chemie, in dem Klaus Ulbricht ihr Abteilungsleiter wurde.
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